但和海拔升高100米下降摄氏0.6度不同，深度每下降100米温度大约升高2摄氏度钻到地球深处超万米处，温度将达到300摄氏度以上。这意味着，钻探机器上所使用的孔底马达、震击器、轴承密封等材料得耐得住这样的高温才行。而人类目前的材料技术无法忍耐如此高的温度。一位地质学家形容这个工程就是站在高楼上拿着一根又细又长的干面条朝着楼下的柏油马路钻孔。
除了高温之外，还有高压，如果钻孔深度达到一万多米，预计井内泥浆压力将达到175Mpa以上，地层压力将达到400Mpa。而现有很多测量仪器所能耐受的压力为140Mpa到170Mpa之间，而且，在高温高压下，井壁岩石物理力学性质会发生变化，容易破碎，影响施工。
最后就是高地应力。地应力就是指的是地应力(crustal stress)存在于地壳中的应力。即由于岩石形变而引起的介质内部单位面积上的作用力。它一般包括两部分：(1)由覆盖岩石的重量引起的应力，它是由引力和地球自转惯性离心力引起的;(2)由邻近地块或底部传递过来的构造应力。高地应力非常容易造成井壁垮塌、卡钻等井下事故。像苏联某个钻井钻到7000米深度时，钻探的钢管就断裂留在了钻井内。
地下12260米处的岩心，从SG-3钻孔获取