安史之乱时，唐玄宗正逃往四川一带。
唐武宗会昌二年（842年），唐朝政府采取一系列的措施打压佛教，史称“武宗灭佛”，摩尼教、景教、祆教也受到牵连，经过会昌年间的打压政策，摩尼教在唐朝上流社会的传播一度中断，遂走向民间，开始在民间秘密传播，一些摩尼教徒还来到东南沿海地区传教。在后来的时期，摩尼教逐渐与民间的秘密宗教相融合，形成了一些新的学说，在宋、元、明、清长达700多年的时间里，与摩尼教相融合的白莲教、弥勒教、罗教先后组织了多次农民起义。
北宋末年，锺相在洞庭湖一带传播摩尼教，并于南宋建炎四年（1130年）发动起义，占据了洞庭湖周围的大部分州县，自立为楚王，锺相的继承者是杨幺，锺相、杨幺的起义军后来被岳飞给镇压了，这是摩尼教在宋朝发动的最大的一次起义。
元朝末年，韩山童、刘福通发动起义，宣扬“明王出世”，以红巾裹头，被称为红巾军，这次农民起义虽然是白莲教组织的，但是在元朝的时候，白莲教已经深受明教的影响，“明王出世”的教义本身就混合了摩尼教的教义，韩林儿自称“小明王”，明朝的国号就是取自“明王出世”之义，因此可以这么说，元朝是被明教给推翻的。
朱元璋建立明朝之后，深知民间秘密宗教的影响力，遂下诏禁止民间的一切异端学说，明教也被禁止，不过，明教、白莲教等民间秘密宗教依然在一定范围内传播。
明末清初，白莲教一度活跃，宣扬“日月复来”，反清复明，遭到清廷的镇压，顺治、康熙、雍正、乾隆年间，白莲教禁绝不止，到了乾隆后期，再度活跃，嘉庆元年（1796年）至嘉庆九年（1804年），湖北、四川、陕西和河南四省之边境地区，发生了川楚白莲教起义，川楚白莲教起义发生之时，乾隆还没有去世，正在当太上皇，清廷先后派遣数十万军队，耗费两亿两白银才镇压了这次起义，清政府因镇压川楚白莲教起义而导致国力大减，深刻影响了嘉庆、道光年间的社会经济局面，可以这么说，川楚白莲教起义是清朝由盛世走向衰世的标志性事件。
嘉庆皇帝画像
嘉庆十八年（1813年），还发生了林清领导的天理教起义，天理教是白莲教的一个支派，嘉庆十八年九月十四日，嘉庆皇帝正在热河的木兰围场打猎，200名天理教教徒在宦官的帮助下，攻入紫禁城，准备直取清朝的最高统治基地，起义军最前沿已经攻入养心殿附近，当时还是皇子的道光皇帝正在守卫养心殿，他在城楼上用火枪击毙了两名天理教教徒，清军与起义军大战隆宗门外，时至今日在隆宗门还能看到当年的箭镞，但是在最后，天理教起义还被清军给镇压了。这次起义，天理教差一点儿就占领了清朝的皇宫。
其实，晚清时期的义和团运动，其部分组织多多少少也与白莲教的支派八卦教有一些关系，义和团运动结束以后，以明教、白莲教为旗帜的农民起义军才退出历史舞台。
