1217年，金兵再度南侵，老将赵放推荐秦钜担任主将抗击金兵，却因为秦钜是秦桧的曾孙子遭到众臣的激烈反对，两拨人互不相让。最后，宋宁宗采取折中的办法，封秦钜为蕲州通判，兼任守备事宜。
秦钜到任后，加紧训练军队、构筑防御工事，与将士百姓同甘共苦，逐渐得到了包括蕲州知州李诚之在内的所有人的认可。1221年，金兵猛攻蕲州，由于敌兵太多，秦钜率众将士只能一边拼死坚守，一边等待援兵的到来。十万金兵猛攻蕲州一个多月竟然还没有攻占，金兵只得另想办法。他们打听到秦钜是秦桧的曾孙，大乐，赶紧派密使前来劝降，秦钜大怒，斩来使表示誓死与蕲州共存亡。
尽管秦钜已经做好舍身取义的准备，城中兵力不足三千，援兵迟迟未至，将领徐辉、常用二人又率兵开城出逃，使得金兵趁虚而入，蕲州城破。李诚之拔剑自刎，秦钜烧毁粮草后举火自焚，两家人也悉数殉难。宋宁宗亲赐秦钜“褒忠”二字，并追封其为义烈侯。
