可他其实也是个胸无大志，更无能力的人。在被推举为监国之后，他自认为朱由崧不配为帝，便把浙江绍兴当做自己的"京师"，把浙江萧山作为自己的"边塞"。结果他还是如朱由崧一样享受起了自己的"帝王生活"，对协调各路人马抗击清军毫不过问。
所以仅仅过了一年，清顺治二年（1645），整个江南就被清军收入囊中。朱由崧这些无所作为的倒霉蛋，便从在朝廷"无所事事"变成了在牢狱里无所事事。至于"南明"的大旗，落在了随后称帝的朱聿键等人手中。
在郑成功的父亲郑芝龙等人的支持下，朱聿键在福建福州称帝，改元"隆武"。与朱由崧和朱以海相比，朱聿键要认真的多。他曾努力协调过手下的势力，几次下诏北伐，意图收复大明的故土。但因为他称帝就是在郑芝龙等地方势力的支持下实现的，所以他也深深地受制于这些人，没办法真正地整合和控制手下的可用力量。所以最终，即便他有心，随着郑芝龙等人的降清，他手上的那些好钢还是没能在合适的刀刃上发挥作用。所以"南明"，乃至大明的"中兴"，他都没能实现。
