史书记载，“帝得表愠甚，终鉴蒙古之辙，不加兵也”。忽必烈二次征讨日本，都因“神风”而损兵折将无数，所以朱元璋吸取教训，决定不动兵。朱元璋所以放过日本，这是史书上给出的最直接原因。
以上就是明初朱元璋与日本的交往史，可谓遭受多次屈辱，对日本恨之入骨，但最终朱元璋忍了，放过日本，除了忽必烈兵败日本教训之外，还有没有其他理由？
1988年，日本一位学者公布了三封遗书，是一个叫祖来的人所写。所谓“祖来”，是日本和尚。朱元璋派赵秩出使日本，虽然怀良亲王依然桀骜不驯，但还是派人来华，有窥探明朝、收集情报之意，其中一个就是“祖来”。根据日本史书记载，祖来和尚三次来华，当然中国史书上只记载了一次。
祖来在华多方了解，最终写了三封书信给怀良亲王。在这些书信中，祖来讲述了明朝和朱元璋对日本人厌恶的态度，认为很可能攻打日本，但也指出朱元璋攻打日本，会面临四大问题。
一，忽必烈攻日失败的教训犹在眼前；二，明朝水师不行，连海盗都不能剿灭，更遑论远征日本；三，日本孤悬海外，对明朝没什么用；四，蒙古残余势力才是明朝最大敌人，明朝战略重心在北方。
客观的说，这四点还是比较符合当时历史，忽必烈二次攻日失败，明初水师力量的确不行（永乐之后，水师力量迅速壮大），而且明朝大敌是元朝残余势力，因此朱元璋就很难打一场极其冒险的战争。与其如此，不如放过日本。
