5月26日，部份英军被压缩到克里特岛西部的苏达湾带，情势危急，不得不急速向南部海岸的斯法基翁港口退却，并于28日深夜在英国皇家海军接应下，经海路逃往埃及。同时，北部伊拉克林地区的守军也开始陆续从海上撤走。到5月31日晚，撤出了16500人，其中包括2000名希腊官兵。
6月2日，克里特岛完全落入德军手中。来不及逃跑的1.2万名英军和大部份希腊士兵当了俘虏，4000名英军阵亡。此外，英国皇家海军战死2000余人，三艘巡洋舰、六艘驱逐舰被击沉，许多舰艇包括两艘战列舰和当时地中海舰队中仅有的一艘航空母舰遭到严重破坏。德国人也损失惨重死亡、失踪约4000人，伤2500人，虽然不到英方损失的1/ 3，但死伤的大都是第七空降师的精锐（德国唯一的空降师），希特勒对此大为恼火，下令不准再进行类似的空降作战。因此，克里特岛战役是德军在二战中发动的第一次也是唯一的一次大规模空降作战。
