当出任哈马斯最高领导人后，迈沙阿勒在巴勒斯坦建国问题上异常坚定，“我们要建立一个以耶路撒冷为首都，一个拥有绝对主权而没有犹太人定居点的国家。而且，还要拥有全部的难民回归权。但是，不承认以色列！”
因为政治立场不一样，哈马斯和法塔赫一直争斗不休，当2005年以色列撤出加沙后，两个组织为控制加沙展开激烈争斗。2007年6月，迈沙阿勒领导下的哈马斯打败法塔赫，武力夺取了对加沙地带的控制权。此后，哈马斯和以色列展开无休止冲突，加沙人民在战火中苦苦挣扎。
2012年，迈沙阿勒在流亡海外45年后，首次踏上巴勒斯坦土地，参加了在加沙举行的哈马斯成立25周年纪念日。当时，数以万计巴勒斯坦人聚集庆祝，迈沙阿勒在哈马斯加沙领导人哈尼亚陪伴下现身讲台，称自己永远不会承认“以色列占领的合法性”，“以色列的存在不合法，不论时间过去多久！”庆祝活动结束后，为预防以色列刺杀，迈沙阿勒返回了叙利亚。
