1986年，古库尼在多次进攻失败后，所建立的临时政府开始瓦解，于是单独同乍得政府媾和。古库尼的倒戈，使利比亚失去了占领乍得北方的依据，卡扎菲怒不可遏，命令军队大举进攻，企图一举歼灭这支昔日盟军。于是，乍得两大对立武装联合起来，把内战变成了利乍两国之间的战争。1987年初，哈布雷在法美等国支持下，在不到3个月时间里击败卡扎菲军队，收复了全部失地，包括被利军占领达14年之久的阿乌祖。
战争期间，哈布雷利用丰田卡车装备部队，增加了部队机动灵活性，以少量伤亡曾全歼利比亚一个装甲旅，引起国际广泛关注。因为收复失地，哈布雷在国内外获得一定威望，被媒体誉为“沙漠之王”。然而，军事上的胜利并没有抵消哈布雷残暴统治带来的负面影响。上台以来，他为了巩固独裁统治，组建特务部队，对国内反对派进行疯狂镇压。据统计，至少有4万反对者被杀，无数人流亡国外。
最终，哈布雷的残暴统治导致众叛亲离。1990年11月，手下大将代比率军攻打哈布雷政府，失去民心的哈布雷节节败退，美法一见大势已去，不愿意再支持哈布雷了。一个月后，哈布雷政府覆灭，他本人仓皇出逃，跑到塞内加尔避难。2016年5月，在流亡26年后，哈布雷被设在塞内加尔的非洲特别法庭，以反人类罪、战争罪等罪名判处终身监禁。
