从投身反塔利班斗争那一刻起，危险一直如影随形伴随着卡尔扎伊。2002年6月，在阿富汗大国民会议选举中，在美国支持下卡尔扎伊当选为过渡政府总统。自此，他更是成为塔利班暗杀榜上的头号人物，不过多次暗杀他都能幸免于难。2004年10月，卡尔扎伊当选为阿富汗首任直选总统，国内政局相对渐趋于稳定，人民生活也渐渐有所改善。但是，塔利班残余势力却将他视为“眼中钉”，策划了一次又一次危险的暗杀行动。
2008年4月27日，喀布尔举行抗击苏联入侵胜利16周年阅兵庆典。正当卡尔扎伊准备发表演讲时，埋伏在远处一栋楼里的塔利班武装人员发动猛烈的火箭弹袭击。4个议员当场死亡，10人受伤，而卡尔扎伊再次幸免于难。尽管一次次遭遇暗杀，但是卡尔扎伊却毫不畏惧。"生死是由真主掌握的，我对此毫无顾虑，我将继续执行我的任务，生死就交给真主。"2009年12月，卡尔扎伊再次高票当选为总统。
一直以来，卡尔扎伊努力摆脱美国傀儡者的形象，曾多次在公众场合暗示道，阿富汗持续不断的暴力是美国在该国保留基地的一个借口。2014年9月，卡尔扎伊即将卸任总统，在告别演讲中，他言辞激烈指责美国让阿富汗陷入了长期战乱。卡尔扎伊表示：“阿富汗战争不是阿富汗的战争，是一场施加在阿富汗身上的战争，阿富汗是受害者。除非美国想要和平，否则阿富汗不会有和平到来。”
