让当地民众最为担忧的是，当前灾区的险情并未彻底解除，更大的灾害风险依然潜伏在周边地质环境中。本次熊本地震属于浅层强震，震源深度极浅，地震能量几乎全部作用于地表岩层，对当地断层结构造成了强烈扰动。监测数据显示，主震发生后，当地余震活动十分频繁，大小余震持续不断，原本稳定的地下断层应力结构被彻底打破，岩层处于极不平衡的活跃状态，地质风险始终处于高位运行状态。
地质研究人员结合板块活动数据分析，本次主震并没有完全释放地下积聚的地质能量，熊本县所处的活跃断层带依旧存在巨大能量残留。频繁的余震会持续冲击已经松动的岩层，不断加剧断层不稳定性，极大可能触发更大规模的地震活动。一旦更高等级的强震再次来袭，原本已经损毁的建筑、道路、市政设施会彻底崩塌报废，原本可控的次生灾害会集中爆发，给灾区带来毁灭性的二次打击，造成的损失将远超本次地震和爆炸事故。
持续叠加的灾害风险，让熊本灾区的应急救援和安置工作面临多重困境。一线救援人员不仅要应对废墟搜救、伤员救治、隐患排查等常规工作，还要时刻警惕余震、二次爆炸、建筑坍塌等突发险情，全程处于高压作业状态。长时间高强度的工作，让救援力量精力持续透支，救灾效率受到明显影响。同时灾区物资运输通道受阻，救援物资、医疗设备、生活物资调配缓慢，难以快速覆盖所有受灾区域，救灾压力持续攀升。
