甘肃庆阳南佐遗址出土的彩陶平底瓶。
有意思的是，南佐遗址30万平方米的核心区竟然也有浓厚的地坑院风格。核心区地貌东西两侧高、中间低，中间原来应当是一条通向南小河的浅沟，俨然是一个放大版的"地坑院"。在这个浅沟北端建设主殿F1，F1的地基明显低于两侧房屋地基。F1以南的浅沟位置原来可能建有一条南北向中轴大道，两侧有支线道路通向高处夯土台。由于水土流失，中轴大道位置现已塌陷为沟壑。主殿F1本来是南北纵长的夯土墙建筑，其后堂内侧却又加砌附墙，将墙角特意装修成圆角，显然是模仿窑洞房屋。南佐主殿建在低处而不是高台上，又模仿普通的窑洞式居室，这显得有些另类，应该是黄土高原上曾经流行过的营造模式。比如陕北清涧寨沟遗址商代的中心院落为下沉式，就有地坑院风格。
南佐遗址核心区西部的大型建筑区
窑洞地坑院很可能就是5000年前南佐人的发明，因为同属仰韶文化晚期，而稍早的大地湾聚落还主要是地面起建的木骨泥墙房屋，更早的则是半地穴式房屋。站在当时南佐人的角度，窑洞地坑院的好处很多，首先就是节省建材。半地穴式或木骨泥墙地面式房屋都要耗费不少木材，窑洞式房屋几乎不用木材。5000年前恰好是气候干冷期，树木资源本来就在减少，挖窑洞居住可以看作是黄土高原上的古人适应自然的行为。窑洞地坑院还有冬暖夏凉的优点，可以有效抵御寒冷的严冬。同时，地坑院低调质朴，与黄土大原融为一体。如果不是原面上升起的一缕缕炊烟，可能完全想不到下面还住着人。
南佐人不但创造了窑洞地坑院，还创制了多圈层中轴线格局都邑，开后世中国都城中轴线格局的先河。
