武则天问狄阁老为何承认谋反。狄仁杰道："我如果不承认造反，已经死于酷刑了。"
武则天也不甘心杀掉这些正直有才的大臣，全部贬为地方官。
神功元年（697年），狄阁老再度拜相，担任鸾台侍郎、同平章事，迁纳言。
狄阁老犯言直谏，力劝武则天复立庐陵王李显为太子，他对武则天说，"姑侄和母子哪个更亲密一些呢？自古以来是母子感情最深。如果你立儿子，这样你死后就能享受祭奠，如果你立侄子的话，我没有听说过侄子会祭祀姑姑的。"
后来，武则天对狄阁老说，我梦到一只大鹦鹉，但它的两个翅膀都折断了，这是为何呢？狄仁杰说，陛下姓武，大鹦鹉指的就是您，两个翅膀就是您的两个孩子。要是启用您的两个孩子，不再猜疑他们，那鹦鹉就能展翅翱翔了。武则天听后，就再也没有立侄子的打算了。
狄阁老等人在不发动大的变动的情况下，就将天下夺归于李氏，真是居功至伟。
狄阁老慧眼识人，乐于举荐贤人。他举荐了张柬之等人，他们不仅政绩颇为可观，而且后来都成为发动神龙政变，光复唐朝的重要人物。狄阁老默默培植举荐忠于唐朝的势力，成为大唐社稷得以延续的重要支柱。
狄阁老对大唐忠心耿耿，每次狄仁杰在朝堂上言辞力争，武则天也都是按下自己的不快，而满足狄阁老的意见。
武则天还特许免去狄阁老的夜间值班。并且对大臣说，不是什么重要的军国大事，不要耽误狄阁老的时间，因为她知道狄阁老身体不好。
久视元年（700年），狄阁老拜内史令。同年九月，狄阁老病逝，追赠文昌右相，谥号文惠。
狄阁老死后，武则天哭泣着说，整个朝堂上没什么可用的人了。此后有什么大事，众人议论不定，武则天就常常叹息道，上天为何这么早就夺走我的狄阁老啊？
唐中宗复位后，追赠司空、梁国公，累赠太师，配享中宗庙廷。
狄阁老之所以能够获得极高的尊敬，实现自己的抱负，是与他的努力分不开的。像他这样既能获得武则天的尊重，又为唐朝诸大臣敬佩不已的人，实在是凤毛麟角，不得不说他实在是太优秀了。
