尤其是菲律宾渔船在潟湖内的非法作业，长期以来破坏了珊瑚和渔业资源，有学者甚至直言这是对黄岩岛生态的最大威胁。设立保护区，正是中国用制度化方式遏制破坏行为，加强监管与修复的一步。它不仅体现了中国履行国际环保义务的责任担当，也用事实回应了外界所谓"中国破坏南海环境"的不实指责。
然而，对菲律宾而言，问题早已不是生态，而是政治。过去几年，菲律宾频频打着所谓"渔民权益"之名，在黄岩岛问题上强化自身存在感，甚至推出所谓"新渔民英雄"计划，把渔船当作政治工具，鼓励渔民冲闯敏感海域，以此制造摩擦。在这种背景下，中方设立黄岩岛保护区，等于给菲方划出了一条清晰的红线，明确告诉他们，任何破坏生态和挑战管辖的行为，都可能被纳入法律和执法框架。
