但是沈万三恰恰不了解自己的这个皇帝，朱元璋虽然是一个明君，但也是一个暴君，在他统治时期，元朝的皇权制度达到了顶峰。他看到沈万三做事竟然比自己这个皇帝做事还有效率，这还了得，自己的面子往哪放。沈万三不仅不了解朱元璋的心思，随机竟然还提出打算用自己的百万两黄金代替皇帝犒赏三军，朱元璋一听这还了得，本来你已经让我失了面子，还敢代替皇帝？于是勃然大怒，想把他给杀了。但由于朱元璋的老婆马皇后谏言，这才逃过一劫。但是，朱元璋并没有就此绕过他，于是便没收了他所有 的家产，把他发配到了云南边疆充军。
本来沈万三被发配到边疆，自己的小命算是保住了，但是他还是没有逃过死神的眷顾。那么，沈万三是怎么死的呢？关于这个问题，中国正史已经给出了明确的说法，他就是因为家产过多，遭到了朱元璋的嫉妒，全家被发配到了云南，最后死在了云南。这个说法是从《明史》中得到的。但是在这一点上，历史界的学者们还有一定的争议的，比如《明史》清朝人编纂出来的，在他们的笔下抹黑明代的实例有很多。
