在提速阶段，所有统筹地区于2027年4月底前完成2026年度清算。同时，进一步扩大试点范围，试点统筹地区于2027年3月底前完成清算。清算资金占基金拨付的比例调整到3%至5%。依托医保信息平台完成清算。省级医保部门要总结试点经验，巩固清算成果，规范全省清算流程，指导改革全面推进。
在全面实施阶段，所有统筹地区于2028年3月底前完成2027年度清算，清算资金占基金拨付的比例控制在3%左右。
计划明确，清算工作要重点抓好方案制定、数据准备、综合考核、金额核算、审定拨付等主要环节。原则上年度清算要涵盖上述环节；按季度清算等一年多次清算的统筹地区，在确保全年清算各环节实施的基础上，可简化部分清算流程。
