除了上述类型的项目外，美国国际开发署还采用各种其他援助机制来实现美国的不同目标。
在 20 世纪 60 年代的越南战争以及 21 世纪的阿富汗和伊拉克战争的特殊情况下，美国政府让美国国际开发署将选拔的工作人员整合到美国军事单位中，开展"反叛乱"（COIN）行动。整合后的机构包括越南的"CORDS"（"民事行动和革命发展支援"）以及阿富汗和伊拉克的"PRT"（"省级重建队"）。
美国国际开发署的作用是协助国家政府加强地方治理和服务能力，并向当地居民提供直接服务。
在这些地区，国家政府无法提供物理安全以抵御叛乱部队的袭击。因此，美国军事援助在 COIN 中的作用是打击叛乱军事力量并保护美国国际开发署和国家政府的民事工作。军方还为援助项目提供了大量资源。
美国民事军事援助的总体目的是使国家政府在当地拥有强大而不受争议的存在。
在这些国家，美国国际开发署还管理着大量不属于美国军方指挥系统的常规援助项目。
