此后福全尽量不再参与政务，直到康熙四十二年(1703年)去世，享年51岁。在福全病危时，康熙正好在巡视塞外，他得知福全病危的消息后立刻准备返京，并立刻下旨命太医无论如何要延长福全几天寿命，能熬到自己看他最后一眼。
不过很惋惜康熙还是没能看到福全最后一眼，在康熙返京途中福全就病逝了，康熙回京城之后都没有回皇宫，而是直奔裕亲王府去看一眼福全的遗体。
康熙在见到福全遗体后失声痛哭，悲痛欲绝，史书记载康熙哭得几欲昏阙。而在福全出殡这一天康熙更是亲临送葬，这一天康熙又是哭得悲痛不止，几次抚棺痛哭迟迟不肯让人盖上棺盖，康熙对哥哥福全的手足之情让当时在场的人无不感动而流泪，由此可见康熙对哥哥福全虽有猜忌，但手足之情还是十分深厚。
福全死后康熙下旨允许福全的儿子保泰不必按照清代降级承袭爵位的规矩，直接继承裕亲王爵位，康熙给福全上谥号为"宪"，在谥法中文武双全，博学多才，宽厚随和曰宪，因此这是一个很好的谥号，也很适合福全一生愿做贤王辅佐弟弟康熙的行为。
康熙在福全死后还是对他怀念不已，因此他特意命画师画了一张他和福全并坐于桐荫之下的画像，每当怀念哥哥时，康熙都会独自对着画像发呆，由此也可看出康熙是发自内心的重视与哥哥福全的手足之情，这也是古今帝王之中十分难得的情形。
由于康熙与福全的手足情深，因此他对侄子保泰也十分好，保泰在康熙时期被任命为议政大臣，还掌管军务，可见康熙对侄子的信任和器重。
不过保泰在康熙去世后就没这么好了，原因就是福全和保泰父子都与雍正的政敌弟弟胤禩交往过密。
