福全也曾受到康熙猜忌，他的子孙后代过得并不好
即便康熙再重视兄弟亲情，但是他作为皇帝始终还是有一颗猜忌之心，福全和常宁都受到过康熙的猜忌。
康熙二十九年(1690年)蒙古准噶尔部在首领噶尔丹的带领下侵扰清代边境，康熙早就对噶尔丹肆意扩张版图武力一统漠西蒙古各部不满了，因此听闻噶尔丹又想侵占清代庇护的漠南蒙古，于是康熙忍无可忍决定御驾亲征噶尔丹。
这也是康熙第一次御驾亲征噶尔丹，这一次康熙还比较年轻，比较有冲劲，他想到和哥哥福全还有弟弟常宁一起保家卫国建功立业，于是康熙下旨加封福全为抚远大将军率大军出古北口攻打噶尔丹，加封常宁为安北大将军率大军出喜峰口攻打噶尔丹，康熙本人亲率上三旗精锐坐镇博洛和屯(今内蒙古正蓝旗南)居中指挥策应。
常宁最先抵达战场，但是由于常宁行军速度过快，后勤补给供应不上，而且常宁的军事指挥调度能力也远不如噶尔丹，因此常宁的大军与噶尔丹一战即溃，常宁只得率败军向福全的行军方向撤退。
终于在败退途中常宁与福全会师，福全一统指挥两路大军，最终在沙拉木伦河上流高凉河一带福全指挥清军与噶尔丹决战，这一战福全果断的击溃了噶尔丹的准噶尔骑兵，惨败的噶尔丹只能逃跑。
康熙听闻噶尔丹败逃，又令堂兄康亲王杰书率精兵进驻归化(现今内蒙古呼和浩特)阻击噶尔丹的退路，噶尔丹在走投无路的情况下又率军在乌兰布通(现今内蒙古赤峰克什克腾旗西南部)与福全的大军背水一战，史称乌兰布通之战，这场战斗极为惨烈，虽然噶尔丹又再度被福全击败，但是清军损失也很严重，不少王公贵族在这场争斗中阵亡，康熙的亲舅舅佟国纲就是战死于这场战斗。
狡猾的噶尔丹在损失惨重的情况下，为了争取逃跑时间他假意向福全投降，用缓兵之计迷惑住了福全，使得福全没有全力追击他，福全也鉴于乌兰布通之战的惨烈，没有过分追歼噶尔丹，最终导致了噶尔丹逃出了清军包围圈，康熙的一征噶尔丹虽然以胜利结束，但是却让噶尔丹跑了，这也让康熙十分不高兴。
