官方史书记载，朱棣攻下南京，朱允炆带着太子朱文奎和皇后孝愍让皇后马氏自焚而死。
《明史·成祖本纪》："宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中。";
《明实录·太宗实录》记载，朱棣登基后，在向朝鲜国王告知自己是大明皇帝的诏书上说："不期建文为权奸逼胁，阖宫自己焚燃。"
然而，由于当时没有人亲眼见到朱允炆自焚，且遗体也没有真正确认，再加上官方史书在记载建文帝自焚而死一事上也多少有些讳莫如深。
《明史·建文皇帝本纪》："上入宫，忽火发，皇后马氏暴崩，程济奉上变僧服遁去。燕王遂入宫。因指烬中后骨以为上!"建文皇帝本纪中没有明确说朱允炆是自焚而死，只是说是以被焚烧得面目全非的遗骸的中后骨认定这就是建文。然而，本纪又说"程济奉上变僧服遁去"，如此这就让人浮想联翩，让人很是怀疑朱允炆没有死，而是穿上僧衣，假扮僧侣逃出皇宫。
除此，《明史·姚广孝列传》记载，朱棣刚刚攻入南京时，有人向朱棣告密，说建文没有死，实"为僧遁去"，并揭发了知情人，他就是代皇帝在寺庙修行的替身和尚--主录僧溥洽。
就连朱棣本人都有些怀疑建文帝没有死，而是逃出了皇宫。
《明史·胡濙传》记载，永乐五年，朱棣因怀疑建文帝逃亡，派遣户科都给事中胡濙，以寻访仙人张三丰为名，暗中侦查建文帝的踪迹。
之后，胡濙在外寻找十六年之久，回朝后，把打听到的民间隐秘与传闻，向朱棣报告，说民间有传言说朱允炆逃到了海外，于是朱棣命郑和下西洋，寻找建文皇帝朱允炆的踪迹。
如此，无论是当时，还是现在，关于建文帝朱允炆的生死，究竟如何，众说纷纭。
那么，假设朱允炆没有死于大火之中，朱允炆又到底去了哪里呢?
关于朱允炆的去向，民间有传言说他出家为僧，并对此有着一段绘声绘色地传说：
传说，建文四年(1402年)六月，建文皇帝朱允炆得知南京金川门失守，深知叔父朱棣不会放过他，就想着自杀以谢国人。
身边的近臣翰林院编修程济见朱允炆想要自杀，赶忙跪下劝说他打消这个念头，告诉他可以逃出皇宫，这时少监王钺也跪在地上提醒朱允炆，说太祖朱元璋驾崩之前，给他留下了一个宝匣，并且交代他说，如果朱允炆遇到性命攸关的大事，可以打开宝匣，谋求一条生路。
