然而，嗜酒如命的曹操并没有听从他的话，结果他的病情逐渐加重，
华佗平时每隔一段时间来帮曹操看一次病，其他时间可以云游天下。然而，随着曹操病情加重，曹操便让他成了他的专职医生，留在了宫中。这对于无束无缚的华佗来说当然不能接受了。
华佗想出了一个自认为绝妙的办法--请假。华佗要么以回家取药方为由请假出宫，要么谎称妻子有病卧床在家，要去治疗照顾。曹操没办法，当然得放行了。
然而，离开宫的华佗如放飞的小鸟，自然是不愿回宫的。而曹操的头疾一犯，痛不欲生，便派人多次去催，华佗依然我行我素，借故不归。
多疑的曹操就派人过去他家，结果发现他的妻子并没有病，于是他命人把华佗抓回了宫。
华佗的撒谎，曹操很生气，关键是华佗还不知悔改和认错，他总是劝养成良好的生活习惯，否则靠他是治不好病的。
两人因为观念不同，本来就有陈见了，曹操怒不可遏，最终把华佗处死了。
二、曹操为什么要杀华佗
正当华佗热心在民间奉献自己的精湛医术时，崛起于中原动乱中的曹操，闻而相召。原来曹操早年得了一种头风病，中年以后，日益严重。每发，心乱目眩，头痛难忍。诸医施治，疗效甚微。华佗应召前来诊视后，在曹操胸椎部的鬲俞穴进针，片刻便脑清目明，疼痛立止。曹操十分高兴。但华佗却如实相告："您的病，乃脑部痼疾，近期难于根除，须长期攻治，逐步缓解，以求延长寿命。"曹操听后，以为华佗故弄玄虚，因而心中不悦，只是未形于色。他不仅留华佗于府中，还允许他为百姓治病。
华佗临死，仍不忘济世救民，将已写好的《青囊经》取出，交狱吏说："此书传世，可活苍生。"狱吏畏罪，不敢受书。华佗悲愤之余，只得将医书投入火中，一焚了之。后来，曹操的头风病几次发作，诸医束手，他仍无一丝悔意，还说，"佗能愈吾疾，然不为吾根治，想以此要挟，吾不杀他，病亦难愈。"
华佗被杀后不久，曹操的爱子曹冲病重，众医都束手无策。及病情危重，曹操凝视着奄奄一息的爱子，捶胸顿足地悲叹："我悔杀华佗，令我冲儿强死……"后来，曹操头风病复发痛苦异常，乃自叹曰："我病唯华佗能医， 今不可得也!"尔后，曹操每发头风病，就想起华佗，悔恨不已。
