没过多久，薛弼再度出仕，改任湖南运判，认识了正在领兵平定杨幺起义军的岳飞。杨幺的水军"楼船十余丈，官军徒仰视不得近"，于是岳飞也想修建高大的战船，不过这种方法浪费时间，遭到了薛弼的反对，他向岳飞献策，"今大旱，湖水落洪，若重购舟首，勿与战，逐筏断江路，藁其上流，使彼之长坐废，而精骑直捣其垒，则破坏在目前矣。"
岳飞很高兴，采纳了薛弼的谋略，仅用二十天就灭掉杨幺的水军。之后，薛弼被正式任命为岳家军的参议官，同时还担任着岳家军驻地的地方长官。薛弼在岳飞患病、辞职离开军队期间，他都起到了非常重要的作用，稳定了岳家军的军心。大将张宪就曾说过，"相公（指岳飞）腹心，惟参谋（指岳飞）知之。"
张俊在制造岳飞冤案时，岳飞的幕僚全部被卷入案中，当时也搜罗到了岳飞与薛弼之间往来的书信，原想将薛弼也牵扯其中。可是薛弼在朝中有两个朋友，起了非常重要的作用，一个是秦桧，多年前两人就是朋友了。另一个是负责审理岳飞一案的万俟卨。那么，薛弼与万俟卨是什么样的关系呢？
之前万俟卨担任过湖北的提点刑狱，当时桃源县有个剧盗名叫伍俊，此人经常叛变，搞得万俟卨毫无办法。后来万俟卨将这件事交给了薛弼。薛弼很聪明，巧施妙计，一举除掉了伍俊。事成之后，薛弼没有居功自傲，而是"归功于万俟卨"，因此万俟卨也没有陷害薛弼。虽然薛弼与秦桧、万俟卨有私人关系，但他并没有参与陷害岳飞，对岳飞也是充满同情的。
参考资料：1.《宋史》；2.《三朝北盟会编》；3.《建炎以来系年要录》
