袁崇焕雕像
于是，他就成了兵部的职方主事（相当于总参谋部作战部副部长一类的官）。在这期间他可能与毛文龙在业务上有过往来，毕竟一个是中央官，一个是边关的总兵（相当于集团军司令）。在1922年的"广宁之战"以后，朝廷觉得关外是无论如何都守不住了，中央的这些官员们开始讨论放弃关外之地，只守山海关这个关口。袁崇焕知道这个事情后，没有请假也没有告诉自己的家人，自己一个人骑着马到关外考察去了。同事与家人都不知道他去哪了，在"失踪"了很长时间后，他回来向皇上写了一份"考察报告"，说只要给他钱粮和兵马他一个人就可以守住关外。朝廷大员们看了他的报告，认为十分可行，于是就提拔他为督关外军的兵备佥事（相当于公安厅厅长一类的官）。在之后的两年内，袁崇焕与满桂、祖大寿一起修筑了宁远等城，使得宁远成了辽东的重镇。
山海关效果图
到了1625年（明熹宗 天启五年），高第接替孙承宗负责关外的事务。他下令尽撤关外军，其中也包括袁崇焕与满桂驻守的宁远。当时很多人都不愿执行高第的命令，大家花费了大量的人力物力修建的关外诸城，都不愿意就此放弃。袁崇焕也对高第说自己宁死也不离开宁远城。这时候袁崇焕的职务是按察使（相当于副省长），毛文龙依然在他的东江镇做他的平辽总兵官，但此时的他却有皇帝赐的尚方宝剑，可以说是由皇帝和兵部直接指挥的军队。
督屯通判金启倧上书崇焕曰："锦、右、大凌三城皆前锋要地。倘收兵退，既安之民庶复播迁，已得之封疆再沦没，关内外堪几次退守耶！"崇焕亦力争不可，言："兵法有进无退。三城已复，安可轻撤？锦、右动摇，则宁、前震惊，关门亦失保障。今但择良将守之，必无他虑。"第意坚，且欲并撤宁、前二城。崇焕曰："我宁前道也，官此当死此，我必不去。"--《明史》
