当时，葡萄牙炮手的待遇非常好，不仅拿着高昂的工资，还能得到一名明朝士兵的随从。 1631年5月，后金大汗皇太极为了夺取皮岛向明朝发动了战争。这时候的明军早已做好了充分的准备，鸟枪大炮齐上阵，将后金兵打得哇哇大叫，连皇太极也险些丧命。经此一战，明朝的军事力量世界闻名，但是，徐光启怎么也想不到，明朝的军事优势成也在此，败也在此。
1631年底，孔有德因为不满军队中的伙食质量，鼓动周围群众发动反明运动。并且，利用从军队中学到的知识，这支叛军一路上攻城夺地，势如破竹，很快就让国家陷入到了一片混战之中。在这次的战争中，葡萄牙炮手本着雇佣兵的职业精神，奋力抵抗，结果，出现12死15伤的惨状。不过，明军毕竟是训练有素的队伍，没过多久，就把大部分叛军的势力给瓦解了。
1633年，孔有德意识到光靠自己的力量是无法达成目的的，因此，他选择趁自己的队伍还有利用价值之时投靠后金，借助后金的力量推翻明朝统治，结果，他们却在渡海时遭到了朝鲜派出的水军拦截，但他最终还是侥幸逃脱并被皇太极收留，也算是达成目的了。得到孔有德加盟的后金实力大涨。到了1636年的时候，皇太极在盛京崇政殿称帝，改"后金"为"清"。
之后，清军为攻打明朝解除后顾之忧出征朝鲜，这是后金第二次入侵朝鲜，在韩国史书中又被称为丙子虏乱或丙子胡乱。皇太极亲自统帅十万大军亲征朝鲜，清军渡江后，扬野战之长，舍坚城而不攻，长驱而南，仅仅十二天便抵达朝鲜京城下，最终，朝鲜被迫与之签订合约。"丙子胡乱"后，昭显世子李与其妻姜氏和其弟凤林大君李淏被押往清朝首都盛京做人质。
