曹操几次给他写书信，又命令沛国、谯县（华佗与曹操同乡）的官吏催促华佗，华佗都不愿意返回。曹操于是派人调查华佗，如果华佗的妻子真的生病，送小豆四十斛并且宽限假期；如果华佗欺骗自己，就收押送回来。
于是华佗被收捕下狱。曹操认为华佗能够治愈自己，为了提升地位而故意延缓治愈的过程，但是即便留下华佗，华佗终究还是不能够帮助自己斩断病根。最后曹操还是处死华佗，华佗的医书由于无人继承，也随之失传。
那么华佗为什么不愿意为曹操治疗呢？在《三国志·魏书·华佗传》中有一个比较明确的原因："恃能厌食事。"就是恃才傲物，不愿意把医术作为谋生的工具。现代大多数人将华佗视作医生，史料中也将其归列于《方技传》、《方术列传》。
