结果在全州还没有待几天，朱由榔又发现刘承胤准备把自己交给清军。朱由榔吓得又从全州离开，从靖州逃到了柳州。在这里，朱由榔又被当地的土司劫掠了一番。
这一路可谓是狼狈至极，皇帝朱由榔如同丧家之犬一般，从肇庆一路南逃到了桂林。直到李成栋等人反清复明，朱由榔的日子这才好过一些。
然而，朱由榔自己手上还是没有兵力，李成栋、耿精忠等人一是投机，二是无力对抗清军，南明的整体局势依旧严峻。到了永历四年，李成栋等人兵败身亡，朱由榔的亲信大臣们也都死得差不多了。孙可望趁这个机会，逼迫朱由榔到贵州安龙府居住。
朱由榔在孙可望的手下过了数年的软禁生涯，直到李定国过来，他才终于从孙可望手中逃脱。李定国陪伴了朱由榔人生中最后的数年，这也是朱由榔身边唯一可以保护他的人了。
