独木难支，扶大厦之将倾还可以，但扶一座已经腐朽倒下的大厦，李定国做不到。孙可望投降清军后，清军掌握了南明军队的虚实。永历十二年，清军攻入云南，朱由榔在李定国的保护下逃亡缅甸。
缅甸是明朝的藩属国，缅甸王莽达收留了朱由榔，愿意为他提供保护。可是，莽达的弟弟莽白却趁机发动政变，将兄长杀死夺位，并发动了咒水之难，杀光了朱由榔身边的近卫。
莽白得知吴三桂入缅后，就把朱由榔献给了吴三桂。
1662年6月1日，吴国贵在昆明用弓弦勒死了朱由榔和他的眷属。明朝也好，南明也好，就此彻底灭亡。
纵观朱由榔的一生，是悲剧的一生，也是无奈的一生。朱由榔被迫即位，他软弱没有主见，除了忠于他的一部分臣子外，他没有任何力量。
为了反清复明，朱由榔还求过罗马教皇。隆武二年的时候，葡萄牙当局就曾发兵三百多人，还带来了大炮，帮助朱由榔收复了不少失地。为了得到天主教的主持，朱由榔家族数十人中，除了朱由榔本人都入了天主教。
朱由榔还曾给罗马教宗写信，希望他能够帮助南明，可是由于路途遥远，朱由榔又没有派出高级官员随行，所以这封信两年后才抵达罗马。当教廷经过激烈辩论，写完回信，抵达交趾时，时间已经过去了九年，南明政权已经濒临崩溃。这封信，最终也没有到达朱由榔的手中。
