前文谈过的黄册和里甲制度在朱元璋在位时或者说政策实施前期，还是执行得当、有力的，但是这种理想化的制度设计很难长期维持下去，特别是到了明代中后期，人口数量剧增，迁徙率非常高的情况下，黄册和里甲制度的弊端和劣势就显现出来。
其一，就是里甲之间赋役负担越来越不均衡，本来里甲制度规定下各甲、各里之间承担的徭役是差不多的，可是明代中后期商品经济发展，有些人富裕有些人贫穷，经济状况不同的情况下就很难做到一碗水端平的状态。
其二，就是户口所在和土地之间分离严重。朱元璋一开始推行里甲黄册制度，就是为了让百姓身份世代沿袭，限制人口流动，方便官府管理，可是明代中后期随着商业发展、土地兼并日益加剧等影响，越来越多的百姓没土地可耕或者受不了过重的徭役逃离别处，这就完全背离里甲黄册制度的初衷了。其三，明代中后期里甲制度越来越难适应社会变化，土地兼并和贫富差距的现实让里甲制度逐渐瓦解，原来生活在里甲之间的百姓也不得不逃离，导致明后期流民众多。
2.人口管理逐步僵化，阻碍了明代人口的自由和商品经济发展
