但在李渊的偏袒之下，李世民并没有占到什么上风，李建成集团渐渐掌控局势。李世民深知李建成即位之后，必定为难自己，最终李世民决定搏命一击，玄武门政变由此开始。武德九年，李世民将李元吉，李建成两人杀死在玄武门门口。
李世民心知不能留下后患，因此在杀了李建成和李元吉之后，有命人赶赴他们府中，将其子女都全部残忍杀害，还在宗室名册上删除了他们的名字，李建成和李元吉的妃子幸免于难，被李世民纳入了后宫，可以说是残忍至极了。
而在玄武门之变发生时，李渊正在宫内的海池上划船，当尉迟恭身披铠甲，手握长矛来到宫内时，李渊大惊失色问道："爱卿这是做什么"，尉迟恭回答道："秦王因为太子和齐王作乱，起兵诛杀了他们。秦王殿下担心惊动陛下，故派臣担任警卫。"
李渊心知李建成，李元吉已经遇难，便连忙问这两人的家眷如何，当得知自己的孙子，孙女都被李世民屠戮殆尽时，李渊愤怒了，他大声说到："汝杀吾子孙，他日汝子孙亦复如此"
而这句话后来也确实应验，李世民虽然励精图治，开创了贞观之治，为唐朝后来的繁荣奠定了基础。但他的十几个儿子却无一善终，被流放，被毒死，被吓死各种死法都来了一遍。难怪白居易在《后宫词》中感慨道"最是无情帝王家"。
