在这清军席卷而南、鲁监国政权全线溃败之际，浙东已经没有了明军的立足之地，清兵围剿太湖，太湖兵败，马士英先是遁入台州四明山削发为僧，被俘后，拒不肯降，从容就义。
马士英死得极惨，被灭绝人性的清军剥皮拆骨，内脏掏空，再塞满稻草，重新用线缝合。
有人把他与周延儒并题，作联一副："周延儒，字玉绳，先赐玉，后赐绳，绳系玉绳之颈，孰怜狐狗之躯。 马士英，字瑶草，生怀瑶，死怀草，草装瑶草之皮，群笑犬羊之林石"。
张岱则在鲁监国政权的溃败难以逆转之际，为逃一死，不得不剃头入清，看看别人，想想自己，不由悻悻自嘲说："功名耶落空，富贵耶如梦，忠臣耶怕痛，锄头耶怕重，著书二十年耶而仅堪覆瓮，之人耶有用没用？"（张岱《琅嬛文集》卷五）
曾经在弘光朝廷痛骂马士英的黄澍，不但投降了满清，而且利用自己是金声同乡的身份，欺骗了金声，攻破了徽州，此类小人，与马士英从容殉国之举相比，应该羞死、愧死。
