服务的对象不一样！当瓦岗寨二哥时，秦琼是追随李世民帮助李渊打天下；凌烟阁是帮助李世民登基的功臣宿将。
隋末唐初是英雄辈出的年代。多少英雄好汉都诞生于此，比如瓦岗寨四十六友，凌烟阁二十四功臣。凌烟阁的意义非比寻常，它是李世民从辅佐自己争取江山的功臣宿将中，挑选出功劳最大的二十四位功臣，专门绘制画像、建立庙宇作为纪念。
其中有八位英雄人物同时登上瓦岗和凌烟阁排行榜，分别魏征、程咬金、张亮、徐茂公、秦叔宝。有意思的是，秦琼曾是瓦岗寨的二当家，到凌烟阁成为垫底的二十四名，小弟程咬金排在十九位，降将尉迟恭高居七位，大名鼎鼎的秦叔宝怎么越混越差？
玄武门之变中表现不够突出
有些文章中，说秦琼没有参与玄武门之变，实在有些口若悬河。唐史中白纸黑字记载，秦琼参与过玄武门之变，而且态度非常明确地支持李世民。《旧唐书·太宗本纪》里说：
武德九年，皇太子建成、齐王元吉谋害太宗。太宗率长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等于玄武门诛之。
玄武门之变结束后，自然要对这些人论功行赏，尉迟恭食邑一千三，长孙顺德食邑一千二，侯君集、张公谨、刘师立食邑一千，秦叔宝、程咬金食邑七百。后来，李世民设置凌烟阁二十四功臣基本上以此为参考。
