清朝便封他为"平西亲王"（满清仅有的两个汉人亲王之一，另一个是耿精忠），其子吴应熊也选尚公主，号称"和硕额驸"，加少保兼太子太保。允许吴三桂开藩设府，坐镇云南，兼辖贵州。吴三桂在这个阶段迎来了在清廷最大的荣誉和权势。
但是与此同时，清廷也在考虑着如何给吴三桂套上"笼头"。
到了康熙2年（1663年），南明已经彻底成为历史了，吴三桂在拥兵自重，就要尾大不掉了。所以清廷首先以军事已经结束，收回吴三桂的"平西大将军印"；而且在收回"平西大将军印"的同时，清廷有意识地开始收回吴三桂的官员任免权，希望让云贵官员的任免权都收归吏部；但是在粮草供应上，由于吴三桂仍然肩负着剿匪的任务，清朝妥协了，保持了现状。
但实际上，兵权和人事任免权清廷根本没有收回来，所以只能彻底保持现状。
