吴三桂可谓在清廷创建之初，立下了汗马功劳，称其为清廷进关的开国功臣也不为过。因为此后吴三桂先后在山东驱逐李自成部下，随英亲王阿济格西征李自成大本营，镇守关中清剿反清势力，入川攻打张献忠余部，最后再率众南征云贵，攻打南明小朝廷。和其他两蕃一起，几乎替清朝打下了南中国半壁江山。而这些都是"关宁军"带给吴三桂的。
但是在这个过程中，吴三桂虽然名义上属于清廷，但实际上是几乎独立于清廷的。
因为为了攻打南明，清朝给了吴三桂非常大的自主权限，吴三桂用人吏部不得干预；吴三桂打仗兵部不得干预；吴三桂要用钱户部不但不得干预，而且不得稽迟。也就是说实际是哪个那个时候，吴三桂要是想反，清朝只有断他粮饷一条路，别无他路。
一直到康熙元年（1662年），吴三桂杀南明永历帝，彻底给清廷交了"投名状"。
