朱儁是东汉会稽郡人，出身寒门，自幼与母亲相依为命，好义轻财，乡里人对他很敬慕。朱儁在县门下任书佐， 后被太守徐珪举为孝廉，任兰陵令，颇有治绩。后来，朱儁升任交州刺史，在交州平叛，因战功被赐封为都亭侯，入朝为谏议大夫。
公元184年，朝廷任命朱儁为右中郎将，持节，与皇甫嵩共同出征黄巾军。但朱儁与黄巾军波才首战失利，皇甫蒿退守长社。接着皇甫嵩以火攻之计，大破黄巾军，朱儁、皇甫蒿与奉命赶到了曹操的军队，再次合力乘胜追击，斩杀数万黄巾军。
公元185年，朱儁因平定黄巾军有功，被任命为右车骑将军，率军回京后，又被任命为光禄大夫。增加食邑五千户，改封为钱塘侯，加位特进。公元190年，董卓把持朝政之后，任命声望相当高的朱儁为太仆，想借以拉拢，但朱儁却拒不接受。
公元191年，董卓挟天子迁都长安之后，朱儁留守旧都洛阳，但洛阳已经成为一片废墟。朱儁与山东诸侯联络征伐董卓，但袁绍等诸侯驻军洛阳后，却不愿进兵长安，后来纷纷各自散去。朱儁也只好弃官逃往荆州，重新联络诸侯伐董，但被李傕、郭汜的大军阻。
公元192年，董卓被王允设计杀死之后，李傕、郭汜又发动了军事政变，杀死了王允。而正好李傕听从太尉周忠、尚书贾诩的计策，诏朱儁入朝任职太仆之职，后来，又接替了周忠的太尉之职，录尚书事。
