玄武门之变，表面上是兄弟相残。但实际上，李世民是逼父让位。诛杀建成、元吉固然重要，若不控制李渊，玄武门之变也不可能成功。
因此学者们认为，侯君集之所以没有出现在前线，很可能就是负责入宫囚禁李渊。李渊被擒，其实玄武门之变就已经成功了一大半。正是因为如此，侯君集才会跻身于一等功臣之列。而他之所以功劳不显，是因为"囚父逼位"实在是大逆不道，谁也不愿多提。
玄武门之变后，侯君集可谓是平步青云，贞观九年（635 年），侯君集奉命随李靖出征吐谷浑，此战中，侯君集献出分进合击、穷追猛打的战术，并在攻灭吐谷浑的战争中，发挥了至关重要的作用，充分显示其清醒的战场意识以及较出色的指挥才能。
贞观十三年（639 年），侯君集独自领兵作战，奔袭七千里，其中跋涉阔达两千里、地无水草、冬风冻寒、夏风如焚的流沙，通过坚苦卓绝的征战，以自己的智勇灭掉了西域高昌国，使唐打通了去西域各国的通道，遏制了西突厥的扩张。
