在玄武门之变前夕，李世民遭到李建成和李元吉的威逼，处境越来越危险。秦王府的部众逐渐离散，仅剩长孙无忌、房玄龄、杜如晦、尉迟敬德、侯君集等区区数人。为了劝服李世民诛杀建成、元吉，秦王府臣僚轮番上阵，其中侯君集赤裸裸地对李世民说：
"事急矣！若不行权道，社稷必危，周公圣人岂无情于骨肉，为存社稷大义灭亲，今大王临机不断，坐受屠戮于义何成？"
最终，李世民当机立断，决定发动玄武门之变。政变当天，李世民率领尉迟恭、长孙无忌等9人埋伏于玄武门和太极宫之间，亲自进行斩首行动。而长孙顺德、秦琼、张公瑾等人则拒守于玄武门，阻挡东宫和齐王府的援兵。但在这场决定李世民、唐朝甚至中国历史走向的政变中，具有举足轻重作用的侯君集却消失了。在史书中，仅仅只是记载侯君集参与了正常政变，但对于他如何参与政变，却只字未提。
玄武门之变，李世民登上皇位。一个月后，李世民迫不及待地诰封了五位一等功臣，他们分别是长孙无忌、房玄龄、尉迟恭、杜如晦和侯君集。
