实事求是地说，三海工程从海军衙门经费中挪用的银子，并非无偿占用，后来如数归还。只是，这种"拆东墙补西墙"的筹款方法，仍然对北洋水师的发展起到一定损害作用。
到后来，1888年，光绪皇帝下令为慈禧太后重修颐和园，海军衙门又成了重修工程的"提款机"。从1888年到1894年，7年时间共挪用了310万两银子海军经费。
此外，李鸿章还以海军衙门筹款以备急需的名义，向各地督抚勒捐了约300万两银子；克扣南洋水师、东三省的练兵饷和海防捐，有86万两银子。这些钱，都进入了颐和园重修工程。
屈指一算，约有700万两银子，从海军衙门流入了颐和园重修工程。
