没了王辅臣这个肘腋之患，玄烨终于可以集中全力收拾吴三桂。于是三藩之役的局势很快向清军有利的方向发展--各路反叛势力或降或散，只剩下吴三桂负隅顽抗，但也是大势已去。最后的结局并不出人意料，清朝已经没有贰臣的容身之地。
三藩之乱中各路叛军的结局，只能用一个惨字来形容。
吴三桂在走投无路之下匆忙称帝、过了把皇帝瘾之后便一病呜呼，继承了他"大业"的嫡长孙吴世藩，最终的命运也只能是以自杀告终。三藩中的另两藩，耿精忠在投降后被玄烨秋后算账，最终落了个凌迟处死的下场；尚可喜倒是宁死不叛清，危急时刻甚至欲以死明志。老尚的"英明举动"不但保住了全家老小的性命，甚至连荣华富贵都没丢掉，只有一心一意追随吴三桂的长子尚之信后来被玄烨找了个借口弄死了。其余的叛清附吴势力如孙延龄眼见大事不妙打算投降，结果被吴世琮所杀，吴之茂被俘后押赴北京斩首，张国柱投降后也被砍死，李本深则被"磔于市，亲属坐斩"。
反正只要等到平藩之役大局已定之后，凡是还活着不肯去死的反叛者，玄烨一个都不放过。
