海瑞上书《治安疏》时，嘉靖起初勃然大怒，但听说海瑞"买棺材，别妻子，散童仆，以死上疏"之后，沉默无语，之后将《治安疏》一天里反复读了多次，感到叹息，把《治安疏》留在宫中数月，即"留中不发"，不交给朝廷讨论，还说："这个人可与比干相比，但朕不是商纣王。"显然，此时嘉靖认可海瑞的才干，更没有杀海瑞的想法。
但几个月之后，嘉靖生病之后，为何又将海瑞关进监狱？可能与两个因素有关。
一，嘉靖与太子关系很奇怪很复杂，即嘉靖相信"二龙不相见"的谶言。在嘉靖生病之后，更会猜疑地认为很多大臣已经投靠太子，自己权位不稳，于是联想到大半年前的海瑞奏章，疑虑是不是有人谋划劝他早日退位，或者是为太子抢班夺权。
因此，嘉靖将海瑞关押，并追查幕后真凶，是与维护自身权位有关。古代皇权争夺中，父子相残的历史数不胜数，嘉靖将海瑞上书与太子联系起来属于正常思维。因此，基于这种思维下的海瑞，无疑处境非常危险，即便嘉靖杀了海瑞，也没什么了不起，毕竟海瑞官职实在太小，而涉及到的皇权争夺的事情太大，死掉一个海瑞也不会引起太大波澜。
