翻开史料来看，唐朝皇帝基本都用谥号来称呼，都是什么帝，真正到唐朝之后，才开始称庙号，都是什么祖，什么宗。
可以说，司马迁称刘邦为"汉高祖"还是挺有创新精神的，实际上应该是一种尊称。
后世对皇帝的称呼大多是庙号在前，谥号在后，比如说刘彻会说汉世宗武皇帝，说刘邦应该是汉太祖高皇帝。
但是这是后世的用法，在司马迁那个时代，庙号制度不完全，称法也没有统一，司马迁应该是先用谥号，再用的庙号，也就是汉高帝汉太祖，为了简称，也为了凸显刘邦独一无二的称呼，因此称其为汉高祖。
可以说，司马迁称刘邦为汉高祖是一种史学尊称，最后约定成俗而叫汉高祖，但是这并不代表司马迁改了刘邦的庙号，他的庙号依然是汉太祖。
