他大力整顿军纪斩逃将，督军士造战车，治火器，浚壕缮城，令严法行。经熊廷弼的一番整顿以后，守备大固，人心稳定，后金不敢贸然进犯。
熊廷弼根据敌我形势，主张积极持久的防御方针，这是完全正确的。他任辽东经略十多个月，使得辽阳的"颓城如新，丧胆之人复定，至奉集、沈阳二空城，今且俨然重镇矣。迄于今，而民安于居，贾安于市，商旅纷纷于途，而后之人因之以为进战退守之地"。罢黜熊廷弼与辽沈失陷
正当辽东形势有所好转之时，明朝最高统治集团发生了重大变化，明神宗朱翊钧于万历四十八年（1620年）七月二十一日死去。其长子朱常洛于八月初一日继位，是为光宗。到九月初一日，光宗又在吞服红丸后驾崩。一月之内，死去了两个皇帝。光宗长子朱由校继位，是为熹宗。时梃击、红丸、移宫"三案构争，党祸益炽"。
熊廷弼性情刚直拒援引，不徇私，得罪了一些人。给事中浙党姚宗文以熊廷弼不替他代请升官，心怀怨恨联络同党御史顾慥、张修德等，攻讦"廷弼出关逾年，漫无定画"。"军马不训练，将领不部署，人心不亲附。刑威有时穷，工作无时止"。甚至说不罢熊廷弼"辽必不保"。
