得益于活佛的身份和喇嘛教不遗余力地支持，噶尔丹很快为兄长报仇，统一了卫拉特四部。由于满蒙早已一家亲，噶尔丹要想统一蒙古，他与康熙就免不了有一场对决。
为了打探清军的虚实，噶尔丹曾试探性地发动过一次进攻，但因惧怕后方不稳，遂草草收兵。为此噶尔丹干了两件事，第一主动与俄国联盟，结束长期的敌对关系。这也成为噶尔丹勾结俄国，分裂国家的罪证之一。
其次就是稳定大后方，武力征服中亚各部。噶尔丹先是利用回疆的宗教矛盾，占领了东察哈台汗的领地。随后又不断西征哈萨克、乌兹别克、吉尔吉斯，将中亚的穆斯林全部置于他的统治之下。
噶尔丹的节节胜利让远在北京的康熙意识到：
