1647年初，张献忠在四川西充县内遭遇清军而被击杀，大西军陷入了被清军和明军夹击的境地，大西军在孙可望、李定国等人的率领下从四川向贵州转移，并最终利用平定云南土司沙定洲叛乱的机会进入云南，并以云南为基地休养生息。在云南期间，孙可望展现出了他高超的治世才能。
1647年形势图
首先，为争取云南土司和人民的支持，孙可望等人废除张献忠的大西国号，表示"共扶明后，恢复江山"，在联合南明永历朝之前暂时以干支纪年。张献忠的四大养子分别称王，孙可望以大哥的身份充当"盟主"支持重大军事事务，"奖节孝，复乡饮，浚海口，省耕省敛，凡有利于民者无不备举。外则土司敛迹，内则物阜民安，为治若此，诚滇南不幸之幸也"。
在经济上，采用征收赋税的政策取代过去的打粮和对官绅、土司追饷的办法，将云南土地"分为营庄，各设管庄一人"，由大西军的军官管理，按照土地出产进行分配，"入官四分，民得六分"，这个方法无疑调动了百姓的生产积极性，保证了大西军和政权的稳定财政收入。另一方面，也缓和了百姓，尤其是地主阶级与大西军之间的紧张关系。孙可望还利用云南境内的铜矿铸造铜钱，取代了原本云南市面上流通的贝币，大大促进了经济的流动性。
