1626年8月，努尔哈赤病逝，皇太极上位。而袁崇焕也开始了他与皇太极的议和，在双方都没有更好机会之下，似乎这也不失为一个方法。互探虚实，一方是内忧外患，财政枯竭的大明王朝，另一方则是先帝崩逝，新帝登基，却又腹背受敌的后金，这和谈也便像太极推手一般，双方都在等待机会。
1627年正月，皇太极发兵攻打背后的朝鲜与毛文龙部，史称丁卯之役。作战意图很明显，消灭位于其后方的不安定因素，为下一步攻打山海关消除隐患，而此时的袁崇焕又是如何做的呢？在朝廷命令之下，派遣9000大军前出三岔河"救援"。手下的7万大军依旧在其梦幻般的类似法国为防止德国突袭一般构筑的"马其顿防线"里热火朝天，修造营垒。三个月时间，不曾有一战，四月份朝鲜臣服后金，毛文龙部陆上占领区全部丧失，此战中毛文龙全家400多口死难。
似乎毛文龙与袁崇焕的梁子也大抵结下了，只不过令我们诧异的，接下来并不是损失惨重的毛文龙找袁大人麻烦，而是袁大人发自内心的"文龙可用则用之，不可用则去之易易耳。"1629年六月初五，袁崇焕"巧施妙计诛文龙，大明哀叹痛失长城"。以双岛阅兵议饷为由，以崇祯帝所赐尚方宝剑，以所谓"十二大罪"斩杀毛文龙。而这之后似乎袁崇焕才真正成为辽东的一方霸主。然而好景不长，也就在这一年，皇太极在收拾了后方之后，从蒙古部绕过山海关直抵京师，而袁崇焕则在随后也被以凌迟处死。
