太平兴国七年，也就是吕端离京的第二年，秦王赵廷美就因为密谋反叛被诛灭了，秦王的家属、近臣也被株连流放，吕端的糊涂救了他一命。此后历经数年磨练，吕端再次回到开封府判官一职上，那时的开封府府尹正是宋太宗的次子赵元僖。兜兜转转，吕端再次成为了皇储近臣，然而这次吕端没能逃过命运的捉弄。赵元僖突然暴毙后，许多荒唐行径被公之于众，宋太宗大怒，以"辅导无状"为由对赵元僖身边的臣子大为贬斥。吕端虽为开封府判官，但赵元僖的教导事宜却与吕端无关。面对飞来的横祸，吕端又开始犯糊涂了，他不仅没有上书自陈清白，反而将罪责全部揽了下来，主动要求贬官为颍州府史，再次淡出了核心政治体系。
宋太宗识人有道，心中自然知晓吕端的品行才能，余怒消除之后立即将吕端重新又提拔了回来，任命其为参知政事，参与国家大事的决断。此时吕端的官职已经做到了副宰相，使人误解吕端，当面对其大加讥讽，吕端对此却毫不在意，是以同行官员都说吕端糊涂。不仅如此，吕端身为副相，家中却异常清贫，时常出现粮米不足仅能维持几日的情况。每到这时，吕端总是悠哉地摆摆手，半点不急。
吕端将近甲子之年，才做到宰相的官位。宋太宗提拔吕端做宰相时，群臣并不支持，甚至上书说吕端糊涂不足以担当大任。久经政治诡谲的宋太宗却能够看得出吕端糊涂表象的大智慧，故而力排众议提拔吕端为宰相，与寇准分担相权。确实，吕端的"糊涂"其实并没有损害吕端的根本利益。吕端深知宋太宗重用秦王只是迫于时局的选择，所以故意犯错远离了争斗的中心，免除了性命之危。第二次吕端面对宋太宗的怒火毫不避讳，自行请罪，这种慨然的态度在当时连连喊冤的其他官员之中突兀而出，既让宋太祖看到了自己的淡然，也委婉地提醒了宋太祖的错误。
