因为北方的大多数将士都是朱棣的旧部，所以大多数的将士都向朱棣投降了，没过多久朱棣就攻下了通州，荆州，和怀柔等城池，这一年八月，朱允文又派耿炳文率领三十万大军去讨伐朱棣，他曾经是朱元璋将领，最善于防范。但是当大军到达雄县的时候，朱棣在此已经埋伏了很长的时间，最终杀死了朱允文大军九千人，随后在真定又展开了一场大战，朱棣完胜。朱允文见此形式，又命李景龙率领五十万大军去攻打燕国，围攻北平，朱棣亲自领兵精骑去攻打大宁，挟持了宁王和他的妻子，又带走了宁王的兵马，使朱棣的部队又壮大了不少，朱允文见形式不妙，只好将齐秦给罢免，算是给燕王一个交代，但是朱棣的目标的皇位，并不会因此而放弃。
所以，建文二年四月，双方又再次在白沟河开战，结果又是李景龙战败，朱棣乘胜追击，又将东昌给收复。来年二月，朱棣又一次南下。朱棣一次又一次的胜利，使得朱允文不得不向朱棣割地求和，但是朱棣是不会同意的。六月，朱棣带兵直逼南京，南京沦陷，宫中发生了大火，朱允文也趁着这一场大火逃跑了。随后朱棣便登基为皇。并采取了朱元璋富民的政策，发展了经济。又巩固了北方的疆土。
