秦琼却是大业十三年时，才被迫跟着裴仁基（隋朝虎牢关守将，因不满身边的朝廷监军，被李密招揽）上瓦岗寨，上了瓦岗后，当时的瓦岗寨老大李密给秦琼的职位是自己的亲卫统领，根据《旧唐书·秦琼传》中的记载：
密得叔宝大喜，以为帐内骠骑，待之甚厚
这个职位跟程咬金是一样的，程咬金上瓦岗寨时，同样被李密引为亲信，瓦岗寨当时的军队分别由单雄信、李勣（徐茂公）和王伯当统领，而李密身边也有八千精锐亲军，四名护卫统领，每人领兵两千，程咬金和秦琼就是其中之二，《旧唐书·程知节传》中记载：
大业末，聚徒数百，共保乡里，以备他盗。后依李密，署为内军骠骑。时密于军中简勇士尤异者八千人，隶四骠骑，分为左右以自卫，号为内军。自云："此八千人可当百万。"知节既领其一，甚被恩遇。
