江南的水陆交通很发达。马士英就把贪婪的目光投向了江南的水上航运业他在长江各处遍设关卡，并由太监亲自坐镇，对过往船只课以重税，每只船所征税额高达200至300两银子。
当时，江南人民盼望朝廷能够厉兵秣马，重振旗鼓，收复京师。马士英便利用人们的这种普遍心情，打着"兴复"、"助饷"旗号，到各地去搜括钱财。他不但巧立名目进行搜括，还大幅度提高盐、酒等日常生活必需品的税额，以致卖一斤老酒就得征一文钱。这些钱财丝毫未用作军饷，反而源源不断流入马士英私囊，上梁不正下梁歪，其部属搜括之能与马士英比亦有过之而无不及。就拿御史彭遇恺来说吧，他在李自成攻陷北京后避乱南渡，阿附于马士英。他受马士英委派，刚到杭州上任，便带着打手光天化日之下公开抢夺市民钱财。上有天堂，下有苏杭。杭州在当时是江南最富庶、最繁华的地方。彭遇恺的强盗行为使得杭州市民关门闭户，不敢轻易进行贸易，市场呈现萧条景象。
彭遇恺自己招募了一支10万人的军队，这么庞大的队伍却从来没有从朝廷那儿领受过任何军需粮饷。有位巡抚感到很奇怪，于是问他军饷从哪儿来。彭遇恺大言不惭地说："靠搜括民财就可以筹办。"这位巡抚大人惊愕不已，半天才回过神来，遂将此事报告给马士英。马士英听后，哈哈大笑："看来你是多心了。现在 是非常时期，必须有非常手段，可以根据情况灵活处理嘛。"不但未给予其惩罚，反而认为彭遇恺有治理边防的才能，派他到淮扬一带去做巡抚了。
饱受战乱及水旱灾害祸端的江南经济经过反复折腾，更加凋敝不堪。老百姓为了活命，不得不背井离乡，流落四方，出现了"万井悲风，千里赤地，鸡犬无声"的凄凉景象。但权奸马士英所想到的只是自己的私利，哪里会顾及老百姓死活？不久，马士英别出心裁地想出了一个生财绝招。他上疏给皇帝，说现在国库空虚，财源枯竭，为筹措经费计，请求免除府州县的童生应试，改为以交纳钱银多少确定童生名次。
马士英遂做出详细规定：交纳银钱多的，可以不经过考试，便可稳稳当当地获得生员资格。并同时规定，上等户人家必须交纳六两银子，中等户四两，下等户三两，直接送到学院查收。一时间，各地一哄而起，生员人数剧增。
