益州发生叛乱的时候，雷有终、秦翰、李惠、石普等人率兵八千前去镇压。经过十多个月的镇压，最终平定叛乱。秦翰因功被迁为内园使、恩州刺史。之后秦翰又驻守西部抵御西夏。
1015年，秦翰暴病身亡，宋真宗听到后潸然泪下，下诏赠给秦翰贝州观察使之职，葬礼加等。1016年，宋朝赠秦翰为彰国军节度使，并命翰林学士、文坛名宿杨亿为其撰写墓志铭。一个宦官能有这么大的待遇可以说非常少见。
纵观秦翰额一生，驻守西北三十多年，除了极少数时候回朝。可以说他是文武双全，身上一共负伤49处，可以说是真正的保家卫国。在宋朝初期秦翰也算是一代名将，做宦官能做到这样，也算是历史少有。在太监的历史上，秦翰也是少有的名垂青史的。
