之后秦翰出任滋州驻泊，仍然主管先锋之事，后来又任镇、定、高阳关三路排阵都监。这些地方都是对抗辽国的前线，也是关键地方。秦翰在这里任职达七八年之久。其间，宋辽双方多次交锋，互有胜负。
1000年，秦翰范廷召、张凝等人奉命追杀后撤的辽军。这一战宋军斩首万余级，救回被掠百姓数万，获马匹、兵器及其它物资不可胜计。宋真宗当即下诏褒奖秦翰等人，并将他提升为定州行营铃辖。可以说此时的秦翰已经得到两个皇帝的重用了。正在这时，成都发生了声势浩大的士兵暴动，秦翰立即被派去镇压，没多久就胜利回朝。不得不说，秦翰带兵打仗还是比较厉害的。
1001年，辽国南下的时候，秦翰与杨延朗、杨嗣、张凝等名将并为前锋铃辖，前去设防。这一战在双方的配合下总计斩首两万余级，包括其大王统军铁林相公以下名王、将军十五名，缴获敌羽林军大印两枚，以及许多战马和军用物资。
澶渊之盟签订之前，秦翰刚一上任，就马不停蹄地率兵整修环城的防御设施。修建好之后辽国就好来偷袭了，这次给辽国造成重大冲击。秦翰在前线一直待到澶渊之盟签订为止。
