武帝听说太子举兵造反，勃然大怒，派丞相刘屈氂发兵镇压，抓捕太子，太子将狱中囚徒释放并武装起来，与刘屈氂军激战数日，最后太子兵败被杀，卫皇后闻讯也自杀了。"巫蛊之祸"与太子造反案在第二年被查清是冤案，太子刘据得以平反昭雪。后来，丞相刘屈氂和贰师将军李广利也被指控用巫术诅咒武帝，刘屈氂被处死，李广利被迫投降匈奴。
"巫蛊之祸"中共有卫伉、卫元、阳石公主、诸邑公主、公孙贺父子、刘屈氂、太子刘据、皇后卫子夫等显贵人物遇害，先后有数万人被牵连罹难。大将军卫青的姐妹以及后人几乎被诛杀殆尽，这个曾显赫一时的外戚家族从此一蹶不振，彻底淡出了历史舞台。
事情平息后，汉武帝终于醒悟，为含冤负屈而死的太子平反，还在长安城外修建了一座"思子台"，寄托无尽的悔恨与哀思，但因"巫蛊"阴谋酿成的悲剧却让汉王朝的危机加重了。征和四年（前89年），汉武帝迫于极度不利形势，下了一道《罪己诏》，检讨并承认自己一生所犯的种种错误，以挽回民心。
"巫蛊" 一案影响很大，是史上典型的"宫廷阴谋"案例：强势却年迈力衰的帝王、仁慈宽厚、深得人心的太子、年老色衰的皇后与其背后逐渐失势的外戚家族、嚣张跋扈却有恃无恐的得志小人......共同演绎了这出历史悲剧大戏。
"巫蛊" 的最终结果是：大量朝臣惨遭清洗，太子死后，汉武帝其他的儿子争谋代立，安定成了泡影，新立的皇帝年幼或昏庸懦弱，朝政混乱，百姓苦无生路，曾经强盛的汉帝国不可避免地走向了衰落。
